Die Stoßwellenbehandlung kommt in der Regel bei Steinen im Nierenbecken und in einem bestimmten Teil des Harnleiters zur Anwendung. Stoßwellen sind physikalisch erzeugte Schallwellen, die dort gebündelt werden, wo der Stein liegt. Dazu wird der Patient auf einem speziellen Behandlungstisch gelagert. Er erhält ein Schmerzmittel sowie je nach Bedarf ein Beruhigungsmittel. Eine Narkose ist fast nie erforderlich. Der Urologe lokalisiert per Röntgenuntersuchung oder Ultraschall den Stein und stellt ihn so ein, dass die Stoßwellen den Stein zerstören können, aber kein Gewebe geschädigt wird. Die entstandenen kleineren Partikel können dann mit dem Urin auf natürliche Weise aus dem Körper gespült werden.

Große Nierensteine werden perkutan unter Sicht entfernt, das heißt durch Punktion der Niere und anschließende Ultraschallzertrümmerung sowie Absaugung der Steinreste aus der Niere. Blasen- und Harnleitersteine können durch eine Blasen- und Harnleiterspiegelungen zertrümmert werden.